食品杀菌技术按杀(除)菌方式般可分为加热杀菌技术、化学药剂杀菌技术、辐射杀菌技术(γ-射线、微波、红外线等)、过滤除菌法以及加热与其他手段相结合的杀菌技术等。
其中食品热力杀菌可分为低温杀菌法(巴氏杀菌)、高温短时杀菌法和超高温瞬时杀菌法。
前两种方法，现今还广泛用在各类罐藏食品、饮料、酒类、药品、乳品的生产中。后种方法，由于其独特的优点，已发展为种高新食品杀菌技术。 电阻加热杀菌也叫欧姆杀菌，是种新型热杀菌方法，它借通入的电流使食品内部产生热量而达到杀菌的目的，是酸性和低酸性食品和带颗粒(粒径小于25mm)食品进行连续杀菌的种新技术。电阻加热已成功地用于各种包含大颗粒的食品和片状食品的杀菌，如马铃薯、胡萝卜、蘑菇、牛肉、鸡肉、片状苹果、菠萝、桃等 。
臭氧杀菌技术具有高效、快速、安全、便宜等优点，自1785年发现以来，广泛应用于食品加工、运输与贮存及自来水、纯净水生产等领域。
辐照杀菌技术利用原子辐射技术进行食品杀菌保鲜。辐照就是利用X射线、γ射线或加速电子射线(为常见的是Co60和Cs137的γ射线)对食品的穿透力以达到杀死食品中微生物和虫害的种冷灭菌消毒方法。
微波杀菌具有穿透力强、节约能源、加热效率高、适用范围广等特点，而且微波杀菌便于控制，加热均匀，食品的营养成分及色、香、味在杀菌后仍接近食物的天然品质。微波杀菌目前主要用于肉、鱼、豆制品、牛乳、水果及啤酒等的杀菌。
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